藻蓝蛋白具有鲜艳的蓝色泽，因而可用作食品和化妆品的添加剂，以避免化学合成物对人体的伤害。

作为天然色素，不但藻蓝蛋白本身就是一种营养丰富的功能性原料， 而且藻蓝蛋白特有的蓝色可以和其他天然色素以不同的比例混合，达到其他天然色素所不能达到的着色效果。欧美等发达国家十分重视藻蓝蛋白作为天然色素的开发。在美国藻蓝蛋白被食品与药品安全管理局(FDA)列为安全性产品。在欧洲，藻蓝蛋白被列入彩色食品原料不限使用。在日本，日本企业早在十几年前就从螺旋藻粉中提取藻蓝蛋白用作食用色素，也用于化妆品生产。在中国台湾，藻蓝蛋白早已取代人工合成色素，用于食品的着色。

近年来，随着人们对食品健康的关注，越来越多的消费者开始关注食品背面的配料表，并在购买时越来越倾向于选择天然成分的食品。藻蓝蛋白作为天然色素中十分少见的蓝色素，是目前十分符合市场趋势和消费者喜好的功能性配料。

藻蓝蛋白是自然界中少见的植物蛋白之一，富含高质量的蛋白质、γ-亚麻酸的脂肪酸，及人体所需的8种氨基酸，是人体更容易识别和吸收的微量营养素，营养价值极高，所以被形象地誉为“食物钻石”。